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各種の保護区は，(1)境界が生態系を無視して，政治的・行政的に定められている，(2)それぞれの制度が，異なる役所によって，異なる目的でバラバラに運用されている，(3)まとまった生態系を保護するうえで面積が狭すぎる，(4)保護区の外側からの影響を排除できないなどの理由から，十分な機能をはたしていない場合が多い。
とくに日本では，保護区内であっても，既着手事業)や国・地方公共団体のする公共事業には法律の規制が及ばないという大きな問題がある（自然環境保全法17条４項，２１条，３０条，自然公園法17条４項，１８条４項，４０条，後出の種の保存法37条８項，５４条など)。
このような保護区は，見かけは動植物が生存していても，生物の存続に最適の条件を備えているかどうか疑わしい。
保護区は，保護区の外での開発を容認し，野生生物を狭い地域に追い込み，そこをフェンスの中の監獄としてしまうおそれがある。
貴重な種を保護する制度として，文化財保護法による天然記念物の制度がある。
しかし天然記念物は「学術上価値の高いもの」であって，しかも日本に特有の動物や，銘木，巨樹，代表的原始林，代表的植物群落，およびそれらを含む代表的一定の区域などに限られている。
この中では，天然保護区域，植物群落，各種混交林などが，生物多様性保護にとって重要かと思われる。
しかし，生物多様性とは，ある地域内に，一般にみられる種から希少な種まで，多様な動植物層ができるだけ数多く生息生育することであって，天然記念物級の動植物が存在することは必ずしも必要ではない。
また，タイプの異なる森林植生や植物自生地がところどころに点在することでもない。
生物は他の生物との相互作用の中で生息生育しており，貴重なものや珍しいものを選別して保護することは不可能である。
また，ひとつの種のみを保護することは，種の間の豊かな多様性を保護し，すべての種を同等に扱うというエコシステム管理の考え方と対立する。
さらに1992年に公布された「絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律」（種の保存法）による希少野生動植物種の指定や生息地等保護区の制度を考えてみよう。
この法律は，アメリカの「絶滅のおそれのある種の法」（EndangeredSpeciesAct，ＥＳＡ)にならい，その１条で「野生動植物が，生態系の重要な構成要素である」ことを認めている。
しかし，生息地の指定や保護増殖事業が本格化していないために，ほとんど見るべき効果をあげていない。
また，アメリカでもＥＳＡの運用にたいして，大衆受けする“高等動物の保護に偏している，植物や無脊椎動物の保護が不十分である，保護種の指定が一貫した生物学的基準に基づいていない，地域個体群）を保護していない，生物学的判断の資料の公表が十分でない，生息地指定が政治的でエコシステムを犠牲にしている，生息地指定が絶滅の防止にとどまり，種の回復を考えていない，指定手続がスローで絶滅の速度に間に合わない，私有地における種の保護が不十分である，などの批判がされていることに注意すべきだろう。
貴重な種や特異な種のみを尊重するという考えは，現在の日本の環境アセスメント制度にも貫かれている。
現在行われている環境影響評価は，着目すべき種，希少な種，学術上重要な種のみを重視し，開発による影響や対策も，｢生息地の一部は消失するが他の大部分は保全されるので影響は小きい」「同様の生息地が周辺にあり，影響は小さい」「その周辺に動物生育環境の回復を図る」「着目すべき種は移植等の保全対策を講ずる」などとされている。
しかし，動植物の生息生育環境は，生物的環境・非生物的環境が入り交じり，その相互関係のもとに形成されたものであり，場所を移動すれば生息生育地が確保できるという考えは，エコシステムの原則に反する。
また，アセスメントが，エコシステムの範囲を無視して事業計画ごとに細分化して実施され，長期的・累積的影響が評価されないことなども問題である。
エコシステムを重視した行政を実施し，生物多様性を保護するためには，現在の法制度や運用の仕組みを大幅に変更しなければならない。
たとえば，つぎのようなことがあげられる。
まず，生物多様性の保護と，そのためのエコシステム管理の基本原則を，法律や条例に明記する必要がある。
エコシステムを重視した資源保護や開発の抑制がなされないかぎり，生物多様性の保護だけではなく，その資源の将来にわたる持続的な利用もありえない。
さらに，行政機関にたいし，現在残っている生態系とその多様性の水準を調査し，開発行為がそれを損傷しないかどうかを審査する義務を課すべきであろう。
また，これを現在の環境アセスメントのような単なる手続法とするのではなく，実体的な要件，手続，効果的な執行体制についても明記すべきである)。
エコシステムは，行政官庁の縄張りや行政区域とは関係なく広がっている。
そこで，エコシステム管理にあたっては，複数の省庁や部局が共同して管理するという責任を明確にすべきである。
そのためには，省庁間・部局間にまたがる新たな協議手続が必要である。
省庁間や自治体間で意見が対立した場合には，外部の科学者や専門家からなる独立の委員会が，双方の申立をうけて仲裁する手続をとるべきである。
環境アセスメントは，計画の大幅な変更を可能にするために，できるだけ早い時期に実施されなければならない。
また，現在の制度に大幅な改善をくわえ，貴重な種にとどまらず影響をうけるすべての生物群集への影響，事業の長期的・累積的影響，開発地域をこえた影響（たとえば渡り烏への影響，そこを通路とする移動性動物への影響）などの包括的検討を求めるべきである。
と〈に事業者には，隣接地域を管理する行政機関および土地所有者とエコシステムおよび生物多様性の保護のために協議する義務を課し，相互調整の結果を書面に記載させるという方法が有効であろう。
自然保護区は，いろいろな欠点にもかかわらず，今後も生物多様性保護の重要な手段となりうる。
しかし，そのためには，エコシステムの維持に十分な面積の指定，各保護区内の管理の徹底，保護区と保護区を結ぶコリドー（回廊）の設置，動植物の回復・再導入，森林や湿地の復元などを実施することが必要である。
また，保護区設置によって影響をうける地域生活や地域経済への救済を講じることが必要になることも考えられる。
しかし，早急にそこまでの合意を形成するのは困難であろう。
「種の保存法」も，いくつかの欠点にもかかわらず，生物多様性の保護のうえで，依然として重要な法律である。
種の指定を迅速にし，エコシステムを考慮した生息地等保護区を指定することで，生物多様性の保護に相当の効果を発揮できるだろう。
そのためには，絶滅危倶種の早急な調査（とくに地方版レッドデータブックの作成)，最小存続可能個体数)についての科学的な判定基準の設定，保護対象の地域個体群，キーストーン種16)，指標種17)への拡大，単一ではなく複数の種を同時に含む，より広範囲な生息地の指定などが必要である。
また，保護増殖事業のための資金の手当も大きな課題である。
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